फायटोफथोरा आणि पायथियममुळे ओलसर होणे आणि रूट रॉट. पायथियम हे बहुधा अल्फल्फामध्ये रोपांचा अनिष्ट आणि बियाणे कुजण्याचे सर्वात सामान्य कारण आहे, उगवण होण्यापूर्वी बिया नष्ट करतात किंवा रोपे उगवल्यानंतर नष्ट करतात. Phytophthora medicaginis अल्फल्फा वनस्पतींवर विकासाच्या सर्व टप्प्यांवर परिणाम करू शकते आणि बहुधा हा अल्फल्फाचा सर्वात सामान्य रूट रॉट रोगकारक आहे. पायथियम आणि फायटोफथोरा मुळे ओलसर होणे आणि मुळांच्या कुजणे हे जास्त सेंद्रिय पदार्थ असलेल्या अम्लीय, खराब निचरा झालेल्या जमिनीत किंवा दीर्घकाळ राहिल्यास, ओले हवामान लागवडीनंतर समस्याप्रधान असतात. संक्रमित शेताच्या कमी भागात काही दिवसात संपूर्ण स्टँडचे नुकसान होणे असामान्य नाही.

अनियमित बियाणे अल्फल्फा बियाणे संक्रमित करू शकतात, ज्यामुळे बियाणे खराब होतात किंवा कुजतात (उद्भवण्यापूर्वी ओलसर होणे) किंवा ते पाण्यात भिजवून आणि रोपांची मुळे आणि देठांचा अंततः मृत्यू होऊ शकतो (उत्पन्नानंतर ओलसर होणे). पायथियममुळे प्रौढ वनस्पतींचेही नुकसान होते आणि त्यांना बर्‍याचदा 'रूट निबलर्स' म्हणून संबोधले जाते कारण ते लक्षात येण्याजोगे क्षय न करता वनस्पतींच्या बारीक मुळांचा नाश करतात आणि त्यामुळे उत्पादनात मापनीय घट होते. Phytophthora medicaginis द्वारे संक्रमित अल्फाल्फा वनस्पती खुंटलेल्या, पिवळ्या किंवा लालसर जांभळ्या दिसतात आणि ते कोमेजून जाऊ शकतात. संक्रमित जळजळांवर तपकिरी ते तपकिरी घाव असतात, विशेषत: जेथे बाजूकडील टपरी बाहेर येते.

घाव शेवटी काळे होतात तर मुळाचा मध्यभाग पिवळा होतो. प्रभावित टपरी बहुतेक वेळा मुकुट क्षेत्राच्या खाली लगेचच चिमटा किंवा ओलसर केल्या जातात, परिणामी ते 'पेन्सिल-पॉइंट' दिसतात. जेव्हा मुळे गंभीरपणे कुजतात तेव्हा झाडे सहजपणे मातीतून ओढली जातात. संक्रमित रोपे झपाट्याने मरतात, ज्यामुळे फायटोफथोरामुळे होणारा मृत्यू आणि पायथियममुळे होणारा मृत्यू वेगळे करणे कठीण होते. फायटोफथोरा-संक्रमित वनस्पतींचे मूळ जमिनीच्या पृष्ठभागाच्या खाली दिलेल्या कोणत्याही बिंदूवर कुजले जाईल आणि कोसळले जाईल आणि पायथियम-संक्रमित वनस्पतींची फक्त लहान फीडर मुळे सडतील.Phytophthora medicaginis, Pythium ultimum आणि Pythium irregular हे सर्व मातीजन्य रोगजनक आहेत जे जमिनीत किंवा वनस्पतींच्या ढिगाऱ्यावर विश्रांतीची रचना म्हणून जगतात, ज्यांना ओस्पोर्स म्हणतात. 

ओस्पोर्स संक्रमित वनस्पतींमध्ये तयार होतात आणि वनस्पतींचे अवशेष कुजल्यानंतर मातीमध्ये अनेक वर्षे जगू शकतात. मातीतील ओलावा जास्त असताना ओस्पोर्स अंकुरित होतात, स्पोरॅन्गिया तयार करतात जे थेट अंकुरित होऊ शकतात आणि मुळांना संक्रमित करू शकतात किंवा प्राणीसंग्रहालय, लहान, गतिशील बीजाणू तयार करू शकतात जे माती भरल्यावर किंवा संतृप्त झाल्यावर बाहेर पडतात. प्राणीसंग्रहालय उगवणार्‍या बियाण्यांकडे किंवा मुळांकडे वनस्पतींच्या उत्सर्जनामुळे आकर्षित होतात. फायटोफथोरा आणि पायथियम डॅम्पिंग ऑफ आणि रूट रॉट रोग शेतात किंवा खराब निचरा असलेल्या शेतांच्या भागात सर्वात सामान्य आहेत आणि ते संसर्गजन्य प्राणी-संसर्ग वाहून नेणाऱ्या सिंचनाच्या पाण्याद्वारे किंवा शेताच्या उपकरणांवर फिरवलेल्या ओस्पोर संक्रमित मातीद्वारे शेतात आणि शेतात पसरतात.