कापसावर करपा, मर (फ्युजेरियम विल्ट, व्हर्टीसिलीयम विल्ट न्युविल्ट ऑफ कॉटन) मुळकुजव्या, कवडी, दह्या पानावरील ठिपके,लाल्या, मरोडीया हे रोग प्रामुख्याने आढळतात.१) करपा - रोगाची लक्षणे व नुकसानीचा प्रकार : झान्थोमोनॉस कापेस्ट्रिस पी. व्ही मालव्हेसिअरम या जीवाणूमुळे करपा हा रोग होतो. साधारणपणे झाड ५ ते ६ आठवड्याचे असताना पानाच्या खालील बाजूस काळ्या रंगाचे कोनात्मक ठिपके दिसू लागतात. नंतर अशाच प्रकारचे ठिपके पानाच्या वरील बाजूसही तयार होतात. पानाच्या शिरा, पानाचे देठ, काळे पडतात. पानावरील ठिपक्यांचा आकार वाढून ठिपके एकमेकांत मिसळून पुर्ण पान करपून गळून पडते. करप्यामुळे पानातील हरीत द्रव्याचे प्रमाण कमी होते. त्यामुळे कर्बग्रहणाची क्रिया मंदावते. पानाप्रमाणे खोडावरही काळे ठिपके पडतात. खोडाला भेगा पडून झाडे वार्‍याने मोडतात. रोगट झाडावरील पात्या, फुले, कळ्या गळून पडतात. मोठी बोंडे व आतील कापूस सडतो. बोंडावर वरून काळे डाग पडतात. आतील कापसाचा रंग पिवळसर पडून प्रत खालावते. परिणामी बाजारभाव कमी मिळतात.

१)रोगाचा प्रसार प्रथम बियाणांपासून होतो. रोगाचे जिवाणू बियाणांच्या आत व आवरणावरही असतात. बोंड अळीच्या विष्टेमध्येही करप्याचे जिवाणू जिवंत राहतात. प्रामुख्याने या रोगाचा प्रसार बोंड अळीची विष्ठा, पावसाचे पाणी, कापसावरील लाल ठेकण्या या मार्फत होतो. २) रोगाची लक्षणे जाणवताच फवारणी पत्रकातील पिकाच्या कालावधीनुसार त्या त्या दोन फवारणीमध्ये कॉटन थ्राईवर , क्रॉंपशाईनरचे प्रमाणे ४ ते ५ मिली आणि हार्मोनी २ मिली प्रतिलिटर पाण्यामध्ये घेणे.२) मर : कापसाच्या मर रोगामध्ये तीन प्रकार आढळतात.अ) फ्युजेरियम विल्ट :हा रोग फ्युजेरियम ऑक्सीस्पोरम फॉस्पी, व्हेसिनफेकटस या बुरशीमुळे होतो. तपमाना २२ ते ३० डिग्री सेल्सिअस आणि भारी जमीन जर असेल तर रोगाची तिव्रता वाढते. लहान रोपांची पाने पिवळ्या ते करड्य रंगाची दिसतात. नंतर रोप वाळते व मरते. मोठ्या झाडाची पाने पिवळी मलूल होऊन वाळतात. जमिनीलगत खोडाचा भाग काळपट पडतो. रोगाची लागण झालेले झाड मधोमध चिरल्यास आतून काळपट उभ्या रेषा दिसतात.

रोगाचा प्रसार मुळावाटे होतो. जमिनीत असणारी बुरशी मुळावाटे खोडात जाऊन तेथे फुजारीक अॅसीड नावाचे विषारी द्रव्य तयार करते. तसेच झायलम पेशीत टायनोज हे द्रव्य तयार होते. त्यामुळे मुळातील व खोडातील झायलम पेशी मरतात. त्यामुळे झाडांना क्षार व पाणी मिळत नाही व शेवटी झाडे मरतात.ब) व्हार्टी सिलीयम विल्ट :व्हार्टीसिलीयम डेहली या बुरशीमुळे हा मर रोग होतो. यामध्ये झाडाची वाढ खुंटते व पाने पिवळी पडू लागतात. प्रथम पानाच्या कडा पिवळ्या पडून नंतर शिरांवर हा रोग पसरतो. शेवटी पाने गळून झाड वाळते. झाडाचे सोटमुळ मधोमध उभे चिरले तर करड्या तपकिरी रंगाची रेष आतमध्ये दिसते. मुळापासून पानांना अन्न घटक पोहचविणारी नलिका (झायलम पेशी) सडल्यामुळे ही रेष दिसते. पाण्याचा योग्य निचरा केल्यास रोगाचे प्रमाण कमी येते.क ) न्युविल्ट ऑफ कॉटन (पॅरा विल्ट) :यामध्ये दोन प्रकार जाणवतात. झाडाची पाने लाल होऊन सुकतात व गळतात. म्हणून याला सविल्ट म्हणतात. तर काही वेळेस झाडाची पाने गळण्यापुर्वीच झाड वाळते म्हणून याला क्वीक विल्ट म्हणतात. तापमान ३० डिग्री सेल्सिअस असल्यास आणि पावसाने ओढ देऊन अचानक जोराचा पाऊस झाल्यास न्यु विल्ट रोगाचा प्रादुर्भाव होतो. झाडाच्या बुंध्याला जमिनीजवळ प्लोयेमपेशी असल्यास मधे इथीलीनचा थर तयार होतो. तसेच व्हॅसक्युलर सिस्टीममध्ये हवेच्या पोकळ्या तयार झाल्याने होतो.

३) मुळकुजव्या : रायझोक्टोनिआ बटाटी कापला किंवा रायक्टोनिमा सार्लिनी या बुरशीमुळे मुळकुजव्या हा रोग होतो. जमिनीचे तपमाना ३५ डिग्री सेल्सिअस किंवा त्याहून अधिक असल्यास रोगाचा प्रादुर्भाव मोठ्या प्रमाणात जाणवतो. सर्वसाधारण महिना - सव्वा महिन्याचे रोपे झाल्यानंतर पाने वाळू लागून गळतात. रोगट मुळ पुर्ण कुजलेले असते. रोगट झाडाला हाताने धरून ओढल्यास ते अलगद सहज उपसते. फक्त सोटमुळे वर येते त्याची साल सोटमुळापासून वेगळी झालेली असते. कुजलेल्या सालीवर सक्लेरोशिया तयार होतात. सोटमुळावर चिकट पदार्थ तयार होतो.उपाय :- मुळकुजव्याची लक्षणे दिसू लागताच १०० लि. पाण्यामध्ये ५०० ग्रॅम कॉपरऑक्सीक्लोराईड घेऊन प्रत्येक रोपावरून ५० मिली द्रावणाचे ड्रेंचिंग (आळवणी ) ४ - ४ दिवसाच्या अंतराने दोन वेळा करणे.४) कवडी : कवडी रोग हा कोलेटोटायकम कँसिस किंवा कोलेटोटाकम गॉपसी या बुरशीमुळे होतो. रोपे ३ ते ४ आठवड्याचे असताना पानावर व खोडावर लालसर गोलाकार ठिपके तयार होतात. रोगट रोपटे सुकून मरते. मोठ्या खोडावर भेगा पडून साला निघते. कापसाच्या बोंडावर गोलाकार, खोलगट, लालसर करड्या रंगाचे ठिपके दिसून पुढे नंतर काळे ठिपके होतात. ठीपाक्याचे प्रमाण वाढून आकार वाढल्याने कापूस पिवळा होतो.