शेणखत शेतात मिसळताना चांगले कुजलेले असावे. शेणखत पूर्णपणे कुजविण्यासाठी कंपोस्ट कल्चरचा वापर करावा. कंपोस्ट कल्चरचा वापर करताना एक टन शेणखतासाठी एक किलो किंवा एक लिटर कल्चर पुरेसे ठरते.

शेणखतातून होणाऱ्या बुरशीजन्य रोगांचा प्रसार रोखण्यासाठी ट्रायकोडर्मा व्हिरिडी, सुडोमोनास फ्लुरोसन्स या जैविक घटकांचा वापर शेणखड्ड्यात करावा. शेणकिड्यांच्या नियंत्रणासाठी मेटारायझियम ऍनिसोप्ली, बिव्हेरिया बॅसियाना यांसारख्या जैविक कीडनाशकांचा वापर करावा.

म्हशी, गाईंच्या गोठ्यात बाहेरून आणल्या जाणाऱ्या शेणात काहीवेळा प्लॅस्टिकच्या छोट्या बाटल्या, इंजेक्‍शन सिरींज - सुया, जनावरांच्या लसीकरणानंतरचे टाकाऊ पदार्थ, काच, कृत्रिम रेतन केल्यानंतर टाकण्यात येणारे प्लॅस्टिकचे हातमोजे, नळ्या काहीवेळा दिसून येतात. असे घटक शेतात आल्यास त्यापासून प्रदूषण वाढते. त्यामुळे या गोष्टी निवडून मगच शेतात खत टाकावे.

 भाजीपाला पिकात अर्धवट कुजलेले शेणखत जमिनीत मिसळल्यास त्या ठिकाणी शेण कुजताना उष्णता निर्माण होते. त्यामुळे उपयुक्त सूक्ष्मजीवांच्या संख्येवर, गांडुळांवर तसेच मुळांवर विपरीत परिणाम होऊ शकतो. त्यामुळे ताजे शेण, अर्धवट कुजलेल्या शेणाऐवजी ते चांगले कुजवून मगच जमिनीत मिसळावे.

गोठ्यातील शेण, शेतातील कचरा, जनावरांच्या गोठ्यातील काडी-कचरा सेंद्रिय पदार्थांचा वापर करून सुधारित पद्धतीने कंपोस्टिंग करून शेतात मिसळल्यास अधिक चांगले ठरते. असे शक्‍य न झाल्यास गोठ्यातील शेण मोकळ्या जागेत साठवून त्यावर पाणी टाकून, कंपोस्ट कल्चरचा वापर करून चांगले कुजवून घ्यावे. नंतर असे चांगले कुजलेले खत शेतात टाकावे.

 फळबागेत शेणखत मिसळताना खड्डा खणून नंतर मातीने बुजवून टाकावे. मातीच्या संपर्कात आल्यामुळे सेंद्रिय पदार्थ लवकर कुजतात. शक्‍य झाल्यास अशा शेणापासून गांडूळ खत तयार करून मग बागेत टाकावे. त्यामुळे जास्त फायदा मिळेल.

शेळ्या-मेंढ्यांचे लेंडी खत टाकताना अशा खतातून शेतात बाभळीसारख्या वनस्पतींच्या बियांचा प्रसार होणार नाही, याची दक्षता घ्यावी. शेळ्या-मेंढ्या चरताना बाभळीच्या शेंगा खातात. त्यामुळे बाभळीच्या बिया त्यांच्या विष्ठेद्वारे बाहेर टाकल्या जातात. अशा कळपातील लेंडीखत बागेत टाकल्यास शेतात बाभळीचे झाडे पुढील पाच ते सहा वर्षांपर्यंत उगवत राहत.