कांद्यावर येणाऱ्या रोगांचे व किडींच्या नियंत्रणासाठी बीज प्रक्रियेपासून काळजी घेतल्यास पीक उत्पादनात वाढ होण्यास चांगली मदत होईल. उशिरा कांदा लागवडी करताना रोपवाटिकेच्या सुरवातीपासून काळजी घेतल्यास निरोगी रोपांची उपलब्धता होईल.कांद्यावरील रोगाचे व्यवस्थापन 1. रोपवाटिकेतील मर - कांदा पिकाच्या रोपवाटिकेत रोपांवर मर रोग हा फ्युजॅरियम बुरशीमुळे होतो. रोपांची मान जमिनीलगत अचानक कुजून ती कोलमडलेली दिसते. त्याचप्रमाणे बुरशीमुळे लागवडीनंतरही प्रादुर्भाव होऊन मर किंवा सड होते.उपाययोजना -रोपवाटिकेची जागा दर वर्षी बदलावी. कांद्याच्या रोपवाटिकेसाठी जमीन उत्तम निचरा होणारी आणि मध्यम प्रतीची असावी.रोपे गादी वाफ्यावरच तयार करावीत.बियाणे निरोगी, स्वच्छ व खात्रीचे असावे.रोपवाटिकेत पेरणी करण्यापूर्वी कॅप्टन किंवा थायरम 3 ग्रॅम प्रतिकिलो बियाणे या प्रमाणात बीज प्रक्रिया करावी किंवा ट्रायकोड्रर्मा 5 ग्रॅम प्रतिकिलोप्रमाणे बियाण्याला चोळावी.

बियाणे पेरणीपूर्वी 3x1 मी.आकाराच्या गादी वाफ्यावर कॉपर ऑक्‍सिक्‍लोराईड 30 ग्रॅम प्रतिवाफा या प्रमाणात मिसळावे, तसेच पेरणीनंतर 15 दिवसांनी पुन्हा 30 ग्रॅम प्रति 10 लिटर पाण्यात मिसळून दोन्ही ओळीच्या मधोमध ओतावे. लगेच वाफ्याला पोहोच पाणी द्यावे.लागवडीकरिता जमीन उत्तम निचरा होणारी व मध्यम प्रतीची असावी.2.करपा - कांदा पिकावर जांभळा करपा, काळा करपा व तपकिरी करपा यांचा प्रादुर्भाव आढळून येतो. रब्बी हंगामामध्ये मुख्यत्वे तपकिरी करप्याचा प्रादुर्भाव आढळून येतो. जांभळा करपा खरीप हंगामात, तर काळ्या करप्याचा प्रादुर्भाव भारी जमिनीत पाण्याचा निचरा न झाल्यास आढळून येतो.तपकिरी करपा - या रोगाचा प्रादुर्भाव रब्बी हंगामामध्ये स्टेम्फीलियम नावाच्या बुरशीमुळे होतो. पानावर सुरवातीला पिवळसर ते तपकिरी चट्टे पडतात. या रोगामध्ये चट्टे वाढण्याचे प्रमाण बुंध्याकडून शेंड्यापर्यंत वाढत जाऊन तपकिरी पडून सुकतात. यात शेंडे आणि पातीही सुकल्यासारखी दिसतात. 

करपा रोगाचे नियंत्रण उपाययोजना -पिकांची फेरपालट करावी.कांद्याच्या रोपवाटिकेत रोपांची उगवण झाल्यानंतर मॅकोझेंब 25 ग्रॅम + कार्बोसल्फॉन 10 मिली + स्टीकर 10 मिली प्रति 10 लिटर पाण्यात मिसळून फवारणी करावी. गरजेनुसार पुढील फवारणी तज्ज्ञांच्या सल्ल्याने करावी.कांद्यावरील करपा व फुलकिडीच्या एकत्रित नियंत्रणासाठी कांदा लागवडीनंतर 10-15 दिवसांनी व 15 दिवसांच्या अंतराने मॅंकोझेब 25 ग्रॅम किंवा कार्बेन्डाझिम 10 ग्रॅम अधिक कार्बोसल्फॉन 10 मिली किंवा ट्रायऍझोफॉस + डेल्टामेथ्रिन हे संयुक्त कीडनाशक 20 मिली अधिक 10 मिली स्टीकर प्रति 10 लिटर पाण्यातून फवारणी करावी. गरजेनुसार पुढील फवारण्या कराव्यात.कांद्यावरील करपा रोगाची लक्षणे व फुलकिडी मोठ्या प्रमाणात आढळून आल्यास त्याच्या एकत्रित नियंत्रणासाठी टेब्युकोनॅझोल 10 मिली किंवा ऍझोक्‍सिस्ट्राबीन 10 मिली अधिक फिप्रोनिल 15 मिली अधिक 10 मिली स्टीकर प्रति 10 लिटर या प्रमाणात घेऊन फवारणी करावी.कांद्यावरील फुलकिडीचे व्यवस्थापन कांद्यामध्ये फुलकिडीची पिल्ले आणि प्रौढ कीटक पाने खरडून पानातील रस शोषून घेतात. पानांवर पांढरे ठिपके दिसतात. 

असंख्य ठिपके जोडले गेल्यामुळे पाने वाकडी होऊन वळतात. दिवसा वाढलेल्या तापमानामध्ये ही कीड पानाच्या बेचक्‍यात खोलवर किंवा बांधावरील गवतामध्ये लपून राहते. या किडीने केलेल्या जखमांमधून करपा रोगाच्या जंतूंचा प्रसार होतो. त्यामुळे करपा रोगाचे प्रमाण वाढते.उपाययोजना -पिकांची फेरपालट करावी.शेताच्या कडेने मक्‍याच्या दोन ओळींची लागवड करावी.लागवडीनंतर 30 दिवसांनी 65-70 टक्के आर्द्रता असताना व्हर्टिसिलियम लेकॅनी 5 ग्रॅम प्रतिलिटर या प्रमाणे 8-10 दिवसांच्या अंतराने दोन फवारण्या कराव्यात.5 टक्के निंबाळी अर्काची फवारणी करावी.कांद्याच्या रोपांची लागवड करण्यापूर्वी रोपप्रक्रिया करावी.कांदा रोपे लावणीनंतर फोरेट (10 जी) हे कीडनाशक एकरी 4 किलो या प्रमाणात वाफ्यात टाकावे.फिप्रोनिल 15 मिली किंवा सायपरमेथ्रीन (25 ई. सी.) 5 मिली किंवा प्रोफेनोफॉस (50 ई. सी.) 10 मिली लॅम्बडा सायहॅलोथ्रीन (5 ई.सी.) 5 मिली 10 लिटर पाण्यातून आलटून पालटून फवारणी करावी.कांद्याची पाने गुळगुळीत असल्याने फवारणी करतेवेळी 10 मिली चिकट द्रवांचा (स्टीकर) वापर करावा.